Dibalik pemandangan alamnya yang mempesona, pulau Samosir memiliki beberapa kisah mistis yang masih menjadi misteri hingga saat ini. Pulau Samosir memiliki mitos menakutkan yang bernamaย Begu Ganjang. Sosok gaib ini dipercaya keberadaannya oleh penduduk pulau. Begu Ganjang merupakan sosok yang bertugas untuk mencabut nyawa dan memiliki rambut yang amat panjang. Penduduk pulau Samosir mempercayai jika seseorang melihat sosok ini, maka ajalnya akan segera tiba.
Pulau Samosir juga dipercaya sebagai tempat dimana sosok naga tinggal. Naga tersebut merupakan perwujudan dari anak Toba yang berhasil selamat ketika desa tenggelam. Nelayan yang sering menjala di laut sering menemui ikan yang berpenampilan mirip dengan ular. Ikan tersebut memiliki tubuh yang besar dan bersisik pada seluruh bagian tubuhnya. Meskipun begitu, warga sekitar masih belum dapat membuktikan mengenai keberadaan naga di pulau Samosir.
Danau Toba yang berada di pulau Samosir dibangun wisma megah yang digunakan untuk tempat singgal tamu kehormatan pemerintahan setempat. Masih belum banyak yang mengetahui bahwa dahulunya ada gubug reyot yang pernah dibangun di lokasi yang sama. Gubug inilah yang menjadi cikal bakal pembangunan wisma mewah di tepian Danau Toba. Dahulunya, gubung tersebut menjadi tempat singgal Presiden pertama RI selama 22 hari. Setelah itu, bangunan ini dibiarkan terbengkalai dan direnovasi kembali pada tahun 2000-an.